Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5NA9 2.07 Å EC: 3.1.27.5 THE X-RAY STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE INCUBA PRESENCE OF AN EXCESS OF CARBOPLATIN (1:10 RATIO) BOS TAURUS CARBOPLATIN RIBONUCLEASES PROTEIN PLATINATION HYDROLASE
Ref.: A COMPARISON STUDY ON RNASE A OLIGOMERIZATION INDUC CISPLATIN, CARBOPLATIN AND OXALIPLATIN. J. INORG. BIOCHEM. V. 173 105 2017
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
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 Atoms found LESS than expected: % Diff = 0.462;
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371.248 C6 H12 N2 O4 Pt C1CC2...
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90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
1U1B 2 Å EC: 3.1.27.5 STRUCTURE OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A IN COMPLEX WIT PHOSPHOTHYMIDINE (3'-5')-PYROPHOSPHATE ADENOSINE 3'-PHOSPHA BOS TAURUS HYDROLASE RIBONUCLEASE ENDONUCLEASE NUCLEOTIDE INHIBITOR
Ref.: CONSERVATION OF MUS-MS ENZYME MOTIONS IN THE APO- A SUBSTRATE-MIMICKED STATE. J.AM.CHEM.SOC. V. 127 9167 2005
Members (71)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 6 families.
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70% Homology Family (81)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 4 families.
1 1Z6D Ki = 4.6 mM IMP C10 H13 N4 O8 P c1nc2c(n1[....
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71 5JLG - RU Ru [Ru+3]
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50% Homology Family (83)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 4 families.
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55 4G8Y Ki = 25.8 uM 0FT C13 H17 N5 O6 CC1=CN(C(=....
56 1JN4 Ki = 11.3 uM 139 C19 H25 N7 O14 P2 c1nc(c2c(n....
57 1O0N Ki = 82 uM U3P C9 H13 N2 O9 P C1=CN(C(=O....
58 1AFK Ki = 240 nM PAP C10 H16 N5 O13 P3 c1nc(c2c(n....
59 2XOI Ki = 0.00046 M SFB C20 H28 N8 O11 S c1nc(c2c(n....
60 1EOW - U2G C19 H24 N7 O13 P c1nc2c(n1[....
61 5OGH - C3P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
62 5NA9 - QPT C6 H12 N2 O4 Pt C1CC2(C1)C....
63 1F0V - DC DG n/a n/a
64 2W5L Ki = 63 uM NAP C21 H28 N7 O17 P3 c1cc(c[n+]....
65 1RUV - UVC C9 H12 N2 O9 V C1=CN(C(=O....
66 1Z6S Ki = 46 uM AMP C10 H14 N5 O7 P c1nc(c2c(n....
67 4G90 Ki = 30.8 uM 0G0 C12 H14 F N5 O6 c1c(nnn1[C....
68 6F60 - DVW C27 H31 N7 O5 Pt CC1=CC=C2C....
69 2W5G Ki = 0.86 uM ATP C10 H16 N5 O13 P3 c1nc(c2c(n....
70 3D8Z Ki = 423 uM TXS C14 H21 N3 O4 CC1=CN(C(=....
71 5JLG - RU Ru [Ru+3]
72 11BA - UPA C19 H24 N7 O12 P c1nc(c2c(n....
73 1TQ9 - CPA C19 H25 N8 O9 P c1nc(c2c(n....
74 3DJO Ki = 40.8 uM U2P C9 H13 N2 O9 P C1=CN(C(=O....
75 1N3Z - U3P C9 H13 N2 O9 P C1=CN(C(=O....
76 3DJV Ki = 27.9 uM C3P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
77 1R5C - CPA C19 H25 N8 O9 P c1nc(c2c(n....
78 3DJQ Ki = 1046.4 uM UDP C9 H14 N2 O12 P2 C1=CN(C(=O....
79 3DJP Ki = 63.2 uM UA3 C9 H13 N2 O9 P C1=CN(C(=O....
80 3DJX Ki = 1557.9 uM C5P C9 H14 N3 O8 P C1=CN(C(=O....
81 11BG - U2G C19 H24 N7 O13 P c1nc2c(n1[....
82 5ARK - UMP C9 H13 N2 O8 P C1[C@@H]([....
83 2RNF - UM3 C9 H13 N2 O8 P C1[C@@H]([....
Polypharmacology
Similar Ligands (2D)
Ligand no: 1; Ligand: QPT; Similar ligands found: 1
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 QPT 1 1
Similar Ligands (3D)
Ligand no: 1; Ligand: QPT; Similar ligands found: 65
No: Ligand Similarity coefficient
1 BBX 1.0000
2 MSM 0.9907
3 SO2 0.9811
4 AXO 0.9810
5 HP4 0.9790
6 BRJ 0.9752
7 DCE 0.9718
8 EDO 0.9701
9 OSM 0.9684
10 3BR 0.9674
11 GLY 0.9660
12 N2O 0.9537
13 PXO 0.9485
14 NOE 0.9469
15 R3W 0.9411
16 PPI 0.9378
17 BXA 0.9369
18 CRD 0.9355
19 FAH 0.9316
20 GOA 0.9272
21 GLV 0.9262
22 1BP 0.9253
23 AKR 0.9225
24 MGX 0.9221
25 3CL 0.9205
26 HVB 0.9201
27 NIE 0.9199
28 F3V 0.9192
29 NMU 0.9175
30 9A4 0.9173
31 BBU 0.9141
32 F50 0.9135
33 13D 0.9121
34 AGU 0.9098
35 9A7 0.9085
36 TSZ 0.9078
37 HAE 0.9061
38 DTZ 0.9017
39 0CL 0.8989
40 BUA 0.8981
41 61G 0.8971
42 BAL 0.8963
43 CP2 0.8940
44 CB0 0.8938
45 J3K 0.8934
46 MTG 0.8923
47 SAR 0.8897
48 ACT 0.8880
49 2A1 0.8880
50 TCV 0.8854
51 BRP 0.8845
52 SEY 0.8793
53 XAP 0.8752
54 AF3 0.8745
55 SLP 0.8742
56 ALA 0.8725
57 ABA 0.8704
58 PUT 0.8670
59 ACM 0.8668
60 MSF 0.8666
61 GOL 0.8644
62 MTD 0.8624
63 KCS 0.8609
64 CYS 0.8564
65 78T 0.8520
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 1U1B; Ligand: PAX; Similar sites found with APoc: No similar binding sites found, or similarity not calculated due to duplicate pocket.
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 1u1b.bio2) has 86 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
Pocket No.: 2; Query (leader) PDB : 1U1B; Ligand: PAX; Similar sites found with APoc: 1
This union binding pocket(no: 2) in the query (biounit: 1u1b.bio1) has 79 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 2GMK AMP 40.3846
APoc FAQ
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