-->
Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5DTK 1.6 Å EC: 3.5.2.6 FRAGMENTS BOUND TO THE OXA-48 BETA-LACTAMASE: COMPOUND 17 KLEBSIELLA PNEUMONIAE INHIBITOR COMPLEX FRAGMENT LACTAMASE HYDROLASE
Ref.: SCREENING AND DESIGN OF INHIBITOR SCAFFOLDS FOR THE ANTIBIOTIC RESISTANCE OXACILLINASE-48 (OXA-48) THRO SURFACE PLASMON RESONANCE SCREENING. J.MED.CHEM. V. 59 5542 2016
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
EDO C:302;
D:302;
B:302;
C:306;
A:304;
C:303;
A:303;
C:305;
A:302;
A:305;
B:303;
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B:304;
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62.068 C2 H6 O2 C(CO)...
5F3 C:307;
B:301;
A:306;
D:301;
Valid;
Valid;
Valid;
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ic50 = 18 uM
276.289 C17 H12 N2 O2 c1cnc...
CL A:301;
C:301;
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Invalid;
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none;
submit data
35.453 Cl [Cl-]
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90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5QB1 1.8 Å EC: 3.5.2.6 OXA-48 IN COMPLEX WITH COMPOUND 36 KLEBSIELLA PNEUMONIAE OXACILLINASE INHIBITOR COMPLEX OXA ANTIBIOTIC RESISTANCELACTAMASE FRAGMENT HYDROLASE
Ref.: A FOCUSED FRAGMENT LIBRARY TARGETING THE ANTIBIOTIC RESISTANCE ENZYME - OXACILLINASE-48: SYNTHESIS, STR EVALUATION AND INHIBITOR DESIGN. EUR J MED CHEM V. 145 634 2018
Members (40)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 38 families.
1 5QAE ic50 = 130 uM Q4G C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
2 5QAW ic50 = 110 uM TVC C17 H12 O2 c1ccc2cc(c....
3 5QAJ ic50 = 330 uM VBC C13 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
4 5QB2 ic50 = 110 uM U3M C25 H16 N2 O2 c1cc2ccc(c....
5 5QAV ic50 = 36 uM L43 C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
6 5QAK ic50 = 390 uM AV4 C15 H15 N O2 CN(C)c1ccc....
7 5QAS ic50 = 520 uM CVF C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
8 5QAZ ic50 = 310 uM Q2S C15 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
9 5QAP ic50 = 35 uM AV7 C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
10 5QB1 ic50 = 2.9 uM F1C C23 H20 N2 O4 CC(=O)Nc1c....
11 5QAU ic50 = 60 uM V7V C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
12 5QAC ic50 = 150 uM U4J C14 H12 O3 COc1ccc(cc....
13 5DTT ic50 = 250 uM 5F5 C10 H7 N O2 S c1cc(cc(c1....
14 5QAR ic50 = 230 uM QIU C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
15 5QAT ic50 = 250 uM T7O C16 H14 O4 CC(=O)OCc1....
16 5QAD ic50 = 130 uM WVV C13 H9 F O2 c1ccc(c(c1....
17 5QA9 ic50 = 900 uM QKU C14 H12 O3 c1cc(cc(c1....
18 5QAN ic50 = 110 uM M8Q C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
19 5QAH ic50 = 260 uM EFX C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
20 5QAQ ic50 = 450 uM S1C C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
21 5DTK ic50 = 18 uM 5F3 C17 H12 N2 O2 c1cnccc1c2....
22 5QB0 ic50 = 35 uM AVA C12 H9 N O2 c1ccnc(c1)....
23 5QAF ic50 = 360 uM S1D C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
24 5QA4 ic50 = 90 uM TI7 C14 H12 O2 Cc1ccccc1c....
25 5QAA ic50 = 250 uM EAJ C14 H12 O3 COc1ccccc1....
26 5QAO ic50 = 450 uM Z8R C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
27 5QAB ic50 = 360 uM XEV C14 H12 O3 COc1cccc(c....
28 5QA7 ic50 = 110 uM IQQ C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
29 5QAI ic50 = 120 uM VM7 C14 H12 O4 S CS(=O)(=O)....
30 5QB3 ic50 = 2.9 uM AVM C24 H18 N2 O3 CC(=O)Nc1c....
31 5QA5 ic50 = 170 uM L5D C14 H12 O2 Cc1cccc(c1....
32 5QA8 ic50 = 470 uM JSX C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
33 5QAL ic50 = 180 uM TVZ C14 H11 N O3 c1cc(cc(c1....
34 5DVA ic50 = 250 uM 5FL C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
35 5QAY ic50 = 500 uM X6P C12 H11 N O2 Cn1cccc1c2....
36 5QA6 ic50 = 50 uM AUV C13 H10 O3 c1ccc(c(c1....
37 5QAM ic50 = 370 uM GA6 C14 H13 N O4 S CS(=O)(=O)....
38 5DTS ic50 = 240 uM 5F8 C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
39 5QAX ic50 = 240 uM Q92 C16 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
40 5QAG ic50 = 210 uM Q2R C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
70% Homology Family (40)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 32 families.
1 5QAE ic50 = 130 uM Q4G C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
2 5QAW ic50 = 110 uM TVC C17 H12 O2 c1ccc2cc(c....
3 5QAJ ic50 = 330 uM VBC C13 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
4 5QB2 ic50 = 110 uM U3M C25 H16 N2 O2 c1cc2ccc(c....
5 5QAV ic50 = 36 uM L43 C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
6 5QAK ic50 = 390 uM AV4 C15 H15 N O2 CN(C)c1ccc....
7 5QAS ic50 = 520 uM CVF C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
8 5QAZ ic50 = 310 uM Q2S C15 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
9 5QAP ic50 = 35 uM AV7 C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
10 5QB1 ic50 = 2.9 uM F1C C23 H20 N2 O4 CC(=O)Nc1c....
11 5QAU ic50 = 60 uM V7V C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
12 5QAC ic50 = 150 uM U4J C14 H12 O3 COc1ccc(cc....
13 5DTT ic50 = 250 uM 5F5 C10 H7 N O2 S c1cc(cc(c1....
14 5QAR ic50 = 230 uM QIU C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
15 5QAT ic50 = 250 uM T7O C16 H14 O4 CC(=O)OCc1....
16 5QAD ic50 = 130 uM WVV C13 H9 F O2 c1ccc(c(c1....
17 5QA9 ic50 = 900 uM QKU C14 H12 O3 c1cc(cc(c1....
18 5QAN ic50 = 110 uM M8Q C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
19 5QAH ic50 = 260 uM EFX C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
20 5QAQ ic50 = 450 uM S1C C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
21 5DTK ic50 = 18 uM 5F3 C17 H12 N2 O2 c1cnccc1c2....
22 5QB0 ic50 = 35 uM AVA C12 H9 N O2 c1ccnc(c1)....
23 5QAF ic50 = 360 uM S1D C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
24 5QA4 ic50 = 90 uM TI7 C14 H12 O2 Cc1ccccc1c....
25 5QAA ic50 = 250 uM EAJ C14 H12 O3 COc1ccccc1....
26 5QAO ic50 = 450 uM Z8R C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
27 5QAB ic50 = 360 uM XEV C14 H12 O3 COc1cccc(c....
28 5QA7 ic50 = 110 uM IQQ C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
29 5QAI ic50 = 120 uM VM7 C14 H12 O4 S CS(=O)(=O)....
30 5QB3 ic50 = 2.9 uM AVM C24 H18 N2 O3 CC(=O)Nc1c....
31 5QA5 ic50 = 170 uM L5D C14 H12 O2 Cc1cccc(c1....
32 5QA8 ic50 = 470 uM JSX C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
33 5QAL ic50 = 180 uM TVZ C14 H11 N O3 c1cc(cc(c1....
34 5DVA ic50 = 250 uM 5FL C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
35 5QAY ic50 = 500 uM X6P C12 H11 N O2 Cn1cccc1c2....
36 5QA6 ic50 = 50 uM AUV C13 H10 O3 c1ccc(c(c1....
37 5QAM ic50 = 370 uM GA6 C14 H13 N O4 S CS(=O)(=O)....
38 5DTS ic50 = 240 uM 5F8 C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
39 5QAX ic50 = 240 uM Q92 C16 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
40 5QAG ic50 = 210 uM Q2R C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
50% Homology Family (45)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 17 families.
1 5QAE ic50 = 130 uM Q4G C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
2 5QAW ic50 = 110 uM TVC C17 H12 O2 c1ccc2cc(c....
3 5QAJ ic50 = 330 uM VBC C13 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
4 5QB2 ic50 = 110 uM U3M C25 H16 N2 O2 c1cc2ccc(c....
5 5QAV ic50 = 36 uM L43 C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
6 5QAK ic50 = 390 uM AV4 C15 H15 N O2 CN(C)c1ccc....
7 5QAS ic50 = 520 uM CVF C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
8 5QAZ ic50 = 310 uM Q2S C15 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
9 5QAP ic50 = 35 uM AV7 C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
10 5QB1 ic50 = 2.9 uM F1C C23 H20 N2 O4 CC(=O)Nc1c....
11 5QAU ic50 = 60 uM V7V C14 H10 N4 O2 c1cc(cc(c1....
12 5QAC ic50 = 150 uM U4J C14 H12 O3 COc1ccc(cc....
13 5DTT ic50 = 250 uM 5F5 C10 H7 N O2 S c1cc(cc(c1....
14 5QAR ic50 = 230 uM QIU C17 H17 N O3 CC(=O)NCCc....
15 5QAT ic50 = 250 uM T7O C16 H14 O4 CC(=O)OCc1....
16 5QAD ic50 = 130 uM WVV C13 H9 F O2 c1ccc(c(c1....
17 5QA9 ic50 = 900 uM QKU C14 H12 O3 c1cc(cc(c1....
18 5QAN ic50 = 110 uM M8Q C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
19 5QAH ic50 = 260 uM EFX C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
20 5QAQ ic50 = 450 uM S1C C15 H13 N O3 CC(=O)Nc1c....
21 5DTK ic50 = 18 uM 5F3 C17 H12 N2 O2 c1cnccc1c2....
22 5QB0 ic50 = 35 uM AVA C12 H9 N O2 c1ccnc(c1)....
23 5QAF ic50 = 360 uM S1D C13 H9 F O2 c1cc(cc(c1....
24 5QA4 ic50 = 90 uM TI7 C14 H12 O2 Cc1ccccc1c....
25 5QAA ic50 = 250 uM EAJ C14 H12 O3 COc1ccccc1....
26 5QAO ic50 = 450 uM Z8R C15 H15 N O4 S CS(=O)(=O)....
27 5QAB ic50 = 360 uM XEV C14 H12 O3 COc1cccc(c....
28 5QA7 ic50 = 110 uM IQQ C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
29 5QAI ic50 = 120 uM VM7 C14 H12 O4 S CS(=O)(=O)....
30 5QB3 ic50 = 2.9 uM AVM C24 H18 N2 O3 CC(=O)Nc1c....
31 5QA5 ic50 = 170 uM L5D C14 H12 O2 Cc1cccc(c1....
32 5QA8 ic50 = 470 uM JSX C13 H10 O3 c1cc(cc(c1....
33 5QAL ic50 = 180 uM TVZ C14 H11 N O3 c1cc(cc(c1....
34 5DVA ic50 = 250 uM 5FL C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
35 5QAY ic50 = 500 uM X6P C12 H11 N O2 Cn1cccc1c2....
36 5QA6 ic50 = 50 uM AUV C13 H10 O3 c1ccc(c(c1....
37 5QAM ic50 = 370 uM GA6 C14 H13 N O4 S CS(=O)(=O)....
38 5DTS ic50 = 240 uM 5F8 C12 H9 N O2 c1cc(cc(c1....
39 5QAX ic50 = 240 uM Q92 C16 H11 N O2 c1cc(cc(c1....
40 5QAG ic50 = 210 uM Q2R C15 H12 O4 COC(=O)c1c....
41 4K0W - CIT C6 H8 O7 C(C(=O)O)C....
42 6N6T - FLC C6 H5 O7 C(C(=O)[O-....
43 4JF5 - FLC C6 H5 O7 C(C(=O)[O-....
44 5TG5 - JW8 C9 H12 B N O4 S B(c1ccc(cc....
45 2WGV - CIT C6 H8 O7 C(C(=O)O)C....
Polypharmacology
Similar Ligands
Ligand no: 1; Ligand: 5F3; Similar ligands found: 2
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 5F3 1 1
2 5FL 0.55814 0.9
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 5QB1; Ligand: F1C; Similar sites found with APoc: 24
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 5qb1.bio2) has 20 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 4L4J NAG NAG BMA MAN NAG 1.35747
2 4UAA 3GK 2.46914
3 4UA7 3GK 2.46914
4 4UBS DIF 2.46914
5 5JVB 2PO 2.88066
6 4K91 SIN 3.29218
7 1JOC ITP 4
8 3IHB GLU 4.11523
9 3HUN ZZ7 4.52675
10 1YQS BSA 4.52675
11 4LO6 SIA GAL 4.73684
12 3WG6 NDP 4.93827
13 3DLS ADP 4.93827
14 3KO0 TFP 5.94059
15 3A8H TAY 6.13208
16 5A0U CHT 6.17284
17 5O2J 2PO 7.32601
18 4K7O EKZ 7.7381
19 3I7V B4P 8.20895
20 1F4X MGS 8.57143
21 1ONI BEZ 10.8696
22 4KQR VPP 11.5226
23 5VLQ ANP 13.1687
24 3ZJQ NCA 14.359
Pocket No.: 2; Query (leader) PDB : 5QB1; Ligand: F1C; Similar sites found with APoc: 10
This union binding pocket(no: 2) in the query (biounit: 5qb1.bio4) has 22 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 2VCN ISZ 1.23457
2 2BOI MFU 1.76991
3 4YJ1 ADP 2.46914
4 3OBT SLB 5.34979
5 3VSV XYP 5.76132
6 4E28 9MZ 5.76132
7 2AJH MET 7.14286
8 4RSE A6V 7.81893
9 1VBO MAN MAN MAN 8.05369
10 3G08 FEE 15.1515
APoc FAQ
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