Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5CPW 1.75 Å NON-ENZYME: TOXIN_VIRAL CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE POLYOMAVIRUS PTA STRAIN VP1 IN C WITH THE GT1A GLYCAN MURINE POLYOMAVIRUS MURINE POLYOMAVIRUS VIRUS PROTEIN CARBOHYDRATE COMPLEX VIINTERACTION VIRAL PROTEIN
Ref.: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF MURINE POLYOM CAPSID PROTEINS ESTABLISH THE DETERMINANTS OF LIGAN RECOGNITION AND PATHOGENICITY. PLOS PATHOG. V. 11 05104 2015
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
GOL D:401;
A:401;
D:402;
B:402;
B:401;
E:401;
A:402;
C:401;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
submit data
92.094 C3 H8 O3 C(C(C...
SIA SIA GAL NGA GAL A:403;
C:402;
B:403;
Valid;
Valid;
Valid;
none;
none;
none;
submit data
1125.99 n/a O=C([...
SIA SIA GAL NGA GAL SIA D:403;
E:402;
Valid;
Valid;
none;
none;
submit data
1416.23 n/a O=C([...
View in 3D viewer
90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5CPZ 1.71 Å NON-ENZYME: TOXIN_VIRAL CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE POLYOMAVIRUS RA STRAIN VP1 IN CO THE GT1A GLYCAN MURINE POLYOMAVIRUS (STRAIN P16 SMALL-ORGANISM_COMMON: MPYV MURINE POLYOMAVIRUS VIRUS PROTEIN CARBOHYDRATE COMPLEX VIINTERACTION VIRAL PROTEIN
Ref.: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF MURINE POLYOM CAPSID PROTEINS ESTABLISH THE DETERMINANTS OF LIGAN RECOGNITION AND PATHOGENICITY. PLOS PATHOG. V. 11 05104 2015
Members (6)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 60 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
70% Homology Family (28)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 42 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
7 4U60 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
8 4U62 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
9 4U61 - GAL SIA n/a n/a
10 4POR - BGC SIA GAL n/a n/a
11 4POS - NAG SIA GAL n/a n/a
12 4POT - NAG GAL NGC n/a n/a
13 4MJ0 - BGC SIA SIA GAL n/a n/a
14 3NXD - BGC GAL NAG SIA GAL n/a n/a
15 4X16 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
16 4X15 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
17 4X10 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
18 4X0Z - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
19 4JCF - SIA GAL NAG n/a n/a
20 4X12 - SIA SIA n/a n/a
21 4X14 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
22 4X11 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
23 4X13 - SIA GAL NAG GAL BGC n/a n/a
24 4MBY - SIA GAL n/a n/a
25 4MBZ - SIA GAL n/a n/a
26 4FMI - NAG SIA GAL n/a n/a
27 4FMJ - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
28 4FMH - SIA GAL n/a n/a
50% Homology Family (30)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 34 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
7 4U60 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
8 4U62 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
9 4U61 - GAL SIA n/a n/a
10 3BWR Kd ~ 3 mM GAL NGA SIA GAL BGC n/a n/a
11 4POR - BGC SIA GAL n/a n/a
12 4POS - NAG SIA GAL n/a n/a
13 4POT - NAG GAL NGC n/a n/a
14 4MJ0 - BGC SIA SIA GAL n/a n/a
15 3NXD - BGC GAL NAG SIA GAL n/a n/a
16 4X16 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
17 4X15 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
18 4X10 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
19 4X0Z - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
20 4X17 - SIA SIA n/a n/a
21 4JCF - SIA GAL NAG n/a n/a
22 4X12 - SIA SIA n/a n/a
23 4X14 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
24 4X11 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
25 4X13 - SIA GAL NAG GAL BGC n/a n/a
26 4MBY - SIA GAL n/a n/a
27 4MBZ - SIA GAL n/a n/a
28 4FMI - NAG SIA GAL n/a n/a
29 4FMJ - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
30 4FMH - SIA GAL n/a n/a
Polypharmacology
Similar Ligands
Ligand no: 1; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar ligands found: 88
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 SIA SIA GAL NGA GAL 1 1
2 SIA SIA GLA BGC 0.909091 1
3 BGC SIA SIA GAL 0.909091 1
4 SIA GAL NGA GAL 0.87156 0.981132
5 GAL NGA GAL SIA 0.87156 0.981132
6 SIA SIA GAL NGA GAL SIA 0.854701 1
7 BGC GAL SIA SIA GAL NGA 0.789916 0.981132
8 GAL BGC GAL SIA NGA SIA 0.789916 0.981132
9 SIA GAL GLC 0.781818 0.943396
10 GAL BGC SIA 0.781818 0.943396
11 GLA GLC SIA 0.781818 0.943396
12 SIA BGC GAL 0.781818 0.943396
13 BGC SIA GAL 0.781818 0.943396
14 BGC GAL SIA 0.781818 0.943396
15 SIA GAL BGC 0.781818 0.943396
16 GAL SIA NGA GAL SIA 0.74359 0.981132
17 SIA GAL SIA GLC NGA 0.742188 1
18 SIA GAL SIA BGC NGA 0.742188 1
19 BGC GAL SIA NGA GAL 0.725806 0.981132
20 GAL NGA GAL BGC SIA 0.725806 0.981132
21 SIA GAL BGC NGA GAL 0.725806 0.981132
22 GAL NGA SIA GAL BGC 0.725806 0.981132
23 BGC GAL CEQ SLB NGA GAL SIA SIA 0.717391 0.883333
24 SIA SIA GAL 0.701754 1
25 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.696296 0.83871
26 MN0 GAL GLC 0.677966 0.907407
27 GAL SIA NGA GAL 0.672131 0.981132
28 NGA GAL SIA 0.666667 0.981132
29 SIA GAL A2G 0.666667 0.981132
30 SIA GAL NAG 0.661017 0.981132
31 NAG SIA GAL 0.661017 0.981132
32 SLT 0.65812 0.924528
33 SIA GAL BGC NGA 0.632812 0.981132
34 BGC GAL SIA NGA 0.632812 0.981132
35 GAL BGC SIA NGA 0.632812 0.981132
36 SIA GAL NAG SIA 0.614173 0.962963
37 NDG FUC SIA GAL 0.612403 0.981132
38 SIA GAL NAG FUC 0.612403 0.981132
39 NAG FUC SIA GAL 0.612403 0.981132
40 FUC NDG GAL SIA 0.612403 0.981132
41 SIA GAL NDG FUC 0.612403 0.981132
42 SIA GLA NAG FUC 0.612403 0.981132
43 NAG GAL NGC 0.611111 0.944444
44 SIA GAL MAG FUC 0.6 0.944444
45 SIA GAL NGS 0.596899 0.8
46 SIA GAL 0.578947 0.943396
47 SIA GAL NDG SIA 0.576923 0.928571
48 SIA GLA NGS FUC 0.568345 0.8
49 SIA GAL NAG GAL GLC 0.565217 0.962963
50 SIA GAL NAG GAL BGC 0.565217 0.962963
51 BGC GAL NAG SIA GAL 0.565217 0.962963
52 SIA GAL NGA 0.563492 0.981132
53 NGC GAL NGA POL AZI 0.562044 0.772727
54 Z3Q GAL 5N6 0.558824 0.825397
55 SIA GAL SIA BGC NGA CEQ 0.552632 0.815385
56 4U2 0.552 0.962264
57 SIA 2FG NAG 0.530769 0.912281
58 4U0 0.527132 0.907407
59 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.525424 0.981132
60 SIA SIA SIA SLB 0.525424 0.981132
61 SLB SIA SIA 0.525424 0.981132
62 SLB SIA SIA SIA SIA 0.525424 0.981132
63 SIA 2FG 0.525 0.877193
64 SIA GAL BGC 16C 0.522876 0.854839
65 SIA NAG GAL GAL 0.522388 0.962963
66 5N6 GAL 0.520325 0.944444
67 SLB SIA 0.516949 0.981132
68 SIA SIA 0.516949 0.981132
69 SIA SIA SIA 0.516393 0.981132
70 BGC 18C GAL SIA 0.50641 0.854839
71 NGC MBG 0.504065 0.890909
72 BGC 18C GAL NGA SIA GAL 0.5 0.854839
73 GAL TNR SIA 0.489051 0.945455
74 NAG GAL SIA 0.488722 0.962963
75 GAL NAG SIA GAL 0.475177 0.962963
76 SIA GAL NAG GAL 0.475177 0.962963
77 SIA NAG GAL 0.474074 0.928571
78 GAL NAG GAL BGC 0.458333 0.849057
79 LAT NAG GAL 0.458333 0.849057
80 BGC GAL NAG GAL 0.458333 0.849057
81 GAL SIA 0.455285 0.925926
82 4U1 0.445255 0.944444
83 GAL NGA GLA BGC GAL 0.443548 0.849057
84 FUC GAL NAG GAL BGC 0.424242 0.867925
85 ACY ACY 6PZ BGC GAL 1GN ACY 1GN GAL GAL ACY BGC 0.408805 0.945455
86 6PZ ACY ACY BGC GAL 1GN 1GN ACY GAL GAL ACY BGC 0.408805 0.945455
87 GLA GAL NAG FUC GAL GLC 0.408759 0.867925
88 SIA CMO 0.408696 0.854545
Ligand no: 2; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL SIA; Similar ligands found: 83
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 SIA SIA GAL NGA GAL SIA 1 1
2 GAL SIA NGA GAL SIA 0.87963 0.981132
3 SIA SIA GAL NGA GAL 0.854701 1
4 BGC SIA SIA GAL 0.786325 1
5 SIA SIA GLA BGC 0.786325 1
6 GAL SIA NGA GAL 0.780702 0.981132
7 BGC GAL CEQ SLB NGA GAL SIA SIA 0.761194 0.883333
8 BGC GAL SIA SIA GAL NGA 0.752066 0.981132
9 GAL BGC GAL SIA NGA SIA 0.752066 0.981132
10 SIA GAL NGA GAL 0.735043 0.981132
11 GAL NGA GAL SIA 0.735043 0.981132
12 SIA SIA GAL 0.723214 1
13 SIA GAL SIA BGC NGA 0.707692 1
14 SIA GAL SIA GLC NGA 0.707692 1
15 GAL NGA SIA GAL BGC 0.690476 0.981132
16 BGC GAL SIA NGA GAL 0.690476 0.981132
17 SIA GAL BGC NGA GAL 0.690476 0.981132
18 GAL NGA GAL BGC SIA 0.690476 0.981132
19 SIA GAL NGA 0.675214 0.981132
20 NGA GAL SIA 0.672414 0.981132
21 SIA GAL A2G 0.672414 0.981132
22 BGC GAL SIA 0.666667 0.943396
23 SIA GAL BGC 0.666667 0.943396
24 SIA BGC GAL 0.666667 0.943396
25 GAL BGC SIA 0.666667 0.943396
26 GLA GLC SIA 0.666667 0.943396
27 SIA GAL GLC 0.666667 0.943396
28 BGC SIA GAL 0.666667 0.943396
29 NAG FUC SIA GAL 0.642857 0.981132
30 SIA GAL NDG FUC 0.642857 0.981132
31 SIA GAL NAG FUC 0.642857 0.981132
32 FUC NDG GAL SIA 0.642857 0.981132
33 SIA GLA NAG FUC 0.642857 0.981132
34 NDG FUC SIA GAL 0.642857 0.981132
35 SIA GAL NAG 0.638655 0.981132
36 NAG SIA GAL 0.638655 0.981132
37 SIA GAL NAG SIA 0.619048 0.962963
38 SIA GAL MAG FUC 0.617188 0.944444
39 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.617021 0.83871
40 GAL BGC SIA NGA 0.6 0.981132
41 SIA GAL BGC NGA 0.6 0.981132
42 BGC GAL SIA NGA 0.6 0.981132
43 SIA GAL 0.598214 0.943396
44 NAG GAL NGC 0.590551 0.944444
45 SIA GAL NDG SIA 0.581395 0.928571
46 SIA GAL SIA BGC NGA CEQ 0.577181 0.815385
47 SIA GAL NGS 0.576923 0.8
48 MN0 GAL GLC 0.576 0.907407
49 SIA GLA NGS FUC 0.572464 0.8
50 NGC GAL NGA POL AZI 0.566176 0.772727
51 SLT 0.556452 0.924528
52 Z3Q GAL 5N6 0.551471 0.825397
53 5N6 GAL 0.53719 0.944444
54 SIA 2FG NAG 0.534884 0.912281
55 4U2 0.531746 0.962264
56 SLB SIA SIA 0.529915 0.981132
57 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.529915 0.981132
58 SIA SIA SIA SLB 0.529915 0.981132
59 SLB SIA SIA SIA SIA 0.529915 0.981132
60 SIA 2FG 0.529412 0.877193
61 SIA NAG GAL GAL 0.526316 0.962963
62 SIA SIA 0.521368 0.981132
63 SLB SIA 0.521368 0.981132
64 BGC 18C GAL NGA SIA GAL 0.521212 0.854839
65 SIA SIA SIA 0.520661 0.981132
66 NGC MBG 0.508197 0.890909
67 SIA GAL BGC 16C 0.496774 0.854839
68 BGC 18C GAL SIA 0.490446 0.854839
69 SIA GAL NAG GAL GLC 0.482759 0.962963
70 BGC GAL NAG SIA GAL 0.482759 0.962963
71 SIA GAL NAG GAL BGC 0.482759 0.962963
72 GAL TNR SIA 0.481752 0.945455
73 GAL NAG SIA GAL 0.468085 0.962963
74 SIA GAL NAG GAL 0.468085 0.962963
75 SIA NAG GAL 0.466667 0.928571
76 NAG GAL SIA 0.459259 0.962963
77 4U0 0.441176 0.907407
78 GAL SIA 0.435484 0.925926
79 ACY ACY 6PZ BGC GAL 1GN ACY 1GN GAL GAL ACY BGC 0.420382 0.945455
80 6PZ ACY ACY BGC GAL 1GN 1GN ACY GAL GAL ACY BGC 0.420382 0.945455
81 4U1 0.417266 0.944444
82 SIA CMO 0.412281 0.854545
83 6PZ BGC GAL 1GN 1GN ACY GAL GAL ACY BGC 0.4 0.945455
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 5CPZ; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar sites found: 12
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 5cpz.bio1) has 15 residues
No: Leader PDB Ligand P-value (APoc) PS_Score (APoc) Sequence Similarity
1 3GDN FAD 0.02076 0.42722 2.46479
2 3GDN HBX 0.02708 0.42722 2.46479
3 3QVP FAD 0.01019 0.4448 2.8169
4 4ZSD 7I6 0.01536 0.40316 3.04878
5 1GPE FAD 0.009349 0.44856 3.16901
6 3P8N L4T 0.018 0.4101 4.30108
7 2IO8 ADP 0.0242 0.40356 4.57746
8 5NB7 8NQ 0.02343 0.40276 4.78261
9 3V4S ADP 0.03762 0.40581 4.92958
10 1KJ8 GAR 0.0343 0.40996 5.6338
11 1AFS NAP 0.03683 0.40194 6.33803
12 2R75 01G 0.0346 0.40097 6.33803
Pocket No.: 2; Query (leader) PDB : 5CPZ; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar sites found: No similar binding sites found, or similarity not calculated due to duplicate pocket.
This union binding pocket(no: 2) in the query (biounit: 5cpz.bio1) has 21 residues
No: Leader PDB Ligand P-value (APoc) PS_Score (APoc) Sequence Similarity
Feedback