-->
Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5CPW 1.75 Å NON-ENZYME: TOXIN_VIRAL CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE POLYOMAVIRUS PTA STRAIN VP1 IN C WITH THE GT1A GLYCAN MURINE POLYOMAVIRUS MURINE POLYOMAVIRUS VIRUS PROTEIN CARBOHYDRATE COMPLEX VIINTERACTION VIRAL PROTEIN
Ref.: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF MURINE POLYOM CAPSID PROTEINS ESTABLISH THE DETERMINANTS OF LIGAN RECOGNITION AND PATHOGENICITY. PLOS PATHOG. V. 11 05104 2015
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
GOL D:401;
A:401;
D:402;
B:402;
B:401;
E:401;
A:402;
C:401;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
Invalid;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
none;
submit data
92.094 C3 H8 O3 C(C(C...
SIA SIA GAL NGA GAL A:403;
C:402;
B:403;
Valid;
Valid;
Valid;
none;
none;
none;
submit data
1125.99 n/a O=C(N...
SIA SIA GAL NGA GAL SIA D:403;
E:402;
Valid;
Valid;
none;
none;
submit data
1416.23 n/a O=C(N...
View in 3D viewer
90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
5CPZ 1.71 Å NON-ENZYME: TOXIN_VIRAL CRYSTAL STRUCTURE OF MURINE POLYOMAVIRUS RA STRAIN VP1 IN CO THE GT1A GLYCAN MURINE POLYOMAVIRUS (STRAIN P16 SMALL-ORGANISM_COMMON: MPYV MURINE POLYOMAVIRUS VIRUS PROTEIN CARBOHYDRATE COMPLEX VIINTERACTION VIRAL PROTEIN
Ref.: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF MURINE POLYOM CAPSID PROTEINS ESTABLISH THE DETERMINANTS OF LIGAN RECOGNITION AND PATHOGENICITY. PLOS PATHOG. V. 11 05104 2015
Members (6)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 62 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
70% Homology Family (29)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 43 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
7 4U60 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
8 4U62 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
9 4U61 - GAL SIA n/a n/a
10 4POR - BGC SIA GAL n/a n/a
11 4POS - NAG SIA GAL n/a n/a
12 4POT - NAG GAL NGC n/a n/a
13 4MJ0 - BGC SIA SIA GAL n/a n/a
14 3NXD - BGC GAL NAG SIA GAL n/a n/a
15 4X16 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
16 4X15 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
17 4X10 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
18 4X0Z - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
19 4X17 - SIA SIA n/a n/a
20 4JCF - SIA GAL NAG n/a n/a
21 4X12 - SIA SIA n/a n/a
22 4X14 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
23 4X11 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
24 4X13 - SIA GAL NAG GAL BGC n/a n/a
25 4MBY - SIA GAL n/a n/a
26 4MBZ - SIA GAL n/a n/a
27 4FMI - NAG SIA GAL n/a n/a
28 4FMJ - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
29 4FMH - SIA GAL n/a n/a
50% Homology Family (30)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 35 families.
1 5CPZ - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
2 5CPW - SIA SIA GAL NGA GAL n/a n/a
3 5CQ0 - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
4 5CPY - SIA GAL NGA GAL n/a n/a
5 1VPS - SIA GAL NAG SIA n/a n/a
6 5CPX - SIA GAL n/a n/a
7 4U60 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
8 4U62 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
9 4U61 - GAL SIA n/a n/a
10 3BWR Kd ~ 3 mM GAL NGA SIA GAL BGC n/a n/a
11 4POR - BGC SIA GAL n/a n/a
12 4POS - NAG SIA GAL n/a n/a
13 4POT - NAG GAL NGC n/a n/a
14 4MJ0 - BGC SIA SIA GAL n/a n/a
15 3NXD - BGC GAL NAG SIA GAL n/a n/a
16 4X16 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
17 4X15 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
18 4X10 - SIA GAL BGC NGA n/a n/a
19 4X0Z - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
20 4X17 - SIA SIA n/a n/a
21 4JCF - SIA GAL NAG n/a n/a
22 4X12 - SIA SIA n/a n/a
23 4X14 - SIA GAL BGC NGA GAL n/a n/a
24 4X11 - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
25 4X13 - SIA GAL NAG GAL BGC n/a n/a
26 4MBY - SIA GAL n/a n/a
27 4MBZ - SIA GAL n/a n/a
28 4FMI - NAG SIA GAL n/a n/a
29 4FMJ - SIA C11 H19 N O9 CC(=O)N[C@....
30 4FMH - SIA GAL n/a n/a
Polypharmacology
Similar Ligands
Ligand no: 1; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar ligands found: 81
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 SIA SIA GAL NGA GAL 1 1
2 SIA SIA GLA BGC 0.909091 1
3 BGC SIA SIA GAL 0.909091 1
4 SIA SIA GAL NGA GAL SIA 0.854701 1
5 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.789916 0.981132
6 BGC GAL SIA SIA GAL NGA 0.789916 0.981132
7 GLA GLC SIA 0.781818 0.943396
8 SIA GAL GLC 0.781818 0.943396
9 SIA GAL BGC 0.781818 0.943396
10 BGC GAL SIA 0.781818 0.943396
11 BGC SIA GAL 0.781818 0.943396
12 GAL BGC SIA 0.781818 0.943396
13 GAL SIA NGA GAL SIA 0.74359 0.981132
14 SIA GAL SIA BGC NGA 0.742188 1
15 SIA GAL SIA GLC NGA 0.742188 1
16 BGC GAL SIA NGA GAL 0.725806 0.981132
17 GAL NGA SIA GAL BGC 0.725806 0.981132
18 SIA GAL BGC NGA GAL 0.725806 0.981132
19 GAL NGA GAL BGC SIA 0.725806 0.981132
20 BGC GAL CEQ SLB NGA GAL SIA SIA 0.717391 0.854839
21 SIA SIA GAL 0.701754 1
22 SIA GAL NAG GAL 0.683333 0.962963
23 MN0 GAL GLC 0.677966 0.907407
24 GAL SIA NGA GAL 0.672131 0.981132
25 SIA GAL NGA GAL 0.672131 0.981132
26 SIA GAL A2G 0.666667 0.981132
27 NGA GAL SIA 0.666667 0.981132
28 NAG SIA GAL 0.661017 0.981132
29 SLT 0.65812 0.924528
30 GAL BGC SIA NGA 0.632812 0.981132
31 BGC GAL SIA NGA 0.632812 0.981132
32 SIA GAL BGC NGA 0.632812 0.981132
33 SIA GAL NAG SIA 0.614173 0.962963
34 NDG FUC SIA GAL 0.612403 0.981132
35 SIA GLA NAG FUC 0.612403 0.981132
36 SIA GAL NAG FUC 0.612403 0.981132
37 FUC NDG GAL SIA 0.612403 0.981132
38 SIA GAL NDG FUC 0.612403 0.981132
39 NAG FUC SIA GAL 0.612403 0.981132
40 NAG GAL NGC 0.611111 0.944444
41 GAL NGA GAL SIA 0.606299 0.962963
42 SIA GAL NAG 0.604839 0.928571
43 SIA GAL MAG FUC 0.6 0.944444
44 SIA GAL NGS 0.596899 0.776119
45 GAL SIA 0.578947 0.943396
46 SIA GAL NDG SIA 0.576923 0.928571
47 SIA GLA NGS FUC 0.568345 0.776119
48 SIA GAL NAG GAL GLC 0.565217 0.962963
49 BGC GAL NAG SIA GAL 0.565217 0.962963
50 SIA GAL NAG GAL BGC 0.565217 0.962963
51 SIA GAL NGA 0.563492 0.981132
52 NGC GAL NGA POL AZI 0.562044 0.772727
53 SIA GAL SIA BGC NGA CEQ 0.552632 0.815385
54 4U2 0.552 0.962264
55 SIA 2FG NAG 0.530769 0.912281
56 4U0 0.527132 0.907407
57 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.525424 0.981132
58 SLB SIA SIA 0.525424 0.981132
59 SIA 2FG 0.525 0.877193
60 SIA GAL BGC 16C 0.522876 0.854839
61 SIA NAG GAL GAL 0.522388 0.962963
62 SIA SIA 0.516949 0.981132
63 SLB SIA 0.516949 0.981132
64 SIA SIA SIA 0.516393 0.981132
65 BGC 18C GAL SIA 0.50641 0.854839
66 SIA GAL 0.504132 0.907407
67 NGC MBG 0.504065 0.890909
68 BGC 18C GAL NGA SIA GAL 0.5 0.854839
69 NAG GAL SIA 0.488722 0.962963
70 GAL TNR SIA 0.485507 0.928571
71 GAL NAG SIA GAL 0.475177 0.962963
72 SIA NAG GAL 0.474074 0.928571
73 GAL NAG GAL GLC 0.458333 0.849057
74 BGC GAL NAG GAL 0.458333 0.849057
75 4U1 0.445255 0.944444
76 GAL NGA GLA BGC GAL 0.443548 0.849057
77 GAL GLC NAG GAL FUC 0.424242 0.867925
78 GLC NAG GAL GAL FUC 0.424242 0.867925
79 FUC GAL NAG GAL BGC 0.424242 0.867925
80 6PZ BGC GAL 1GN 1GN ACY GAL GAL ACY BGC 0.408805 0.945455
81 GLA GAL NAG FUC GAL GLC 0.408759 0.867925
Ligand no: 2; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL SIA; Similar ligands found: 74
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 SIA SIA GAL NGA GAL SIA 1 1
2 GAL SIA NGA GAL SIA 0.87963 0.981132
3 SIA SIA GAL NGA GAL 0.854701 1
4 BGC SIA SIA GAL 0.786325 1
5 SIA SIA GLA BGC 0.786325 1
6 GAL SIA NGA GAL 0.780702 0.981132
7 SIA GAL NGA GAL 0.780702 0.981132
8 BGC GAL CEQ SLB NGA GAL SIA SIA 0.761194 0.854839
9 BGC GAL SIA SIA GAL NGA 0.752066 0.981132
10 BGC GAL SIA NGA GAL SIA 0.752066 0.981132
11 SIA SIA GAL 0.723214 1
12 SIA GAL SIA GLC NGA 0.707692 1
13 SIA GAL SIA BGC NGA 0.707692 1
14 GAL NGA GAL BGC SIA 0.690476 0.981132
15 SIA GAL BGC NGA GAL 0.690476 0.981132
16 BGC GAL SIA NGA GAL 0.690476 0.981132
17 GAL NGA SIA GAL BGC 0.690476 0.981132
18 SIA GAL NAG GAL 0.689076 0.962963
19 SIA GAL NGA 0.675214 0.981132
20 NGA GAL SIA 0.672414 0.981132
21 SIA GAL A2G 0.672414 0.981132
22 GAL BGC SIA 0.666667 0.943396
23 SIA GAL GLC 0.666667 0.943396
24 BGC GAL SIA 0.666667 0.943396
25 SIA GAL BGC 0.666667 0.943396
26 BGC SIA GAL 0.666667 0.943396
27 GLA GLC SIA 0.666667 0.943396
28 SIA GAL NDG FUC 0.642857 0.981132
29 SIA GLA NAG FUC 0.642857 0.981132
30 FUC NDG GAL SIA 0.642857 0.981132
31 SIA GAL NAG FUC 0.642857 0.981132
32 NAG FUC SIA GAL 0.642857 0.981132
33 NDG FUC SIA GAL 0.642857 0.981132
34 NAG SIA GAL 0.638655 0.981132
35 GAL NGA GAL SIA 0.624 0.962963
36 SIA GAL NAG SIA 0.619048 0.962963
37 SIA GAL MAG FUC 0.617188 0.944444
38 GAL BGC SIA NGA 0.6 0.981132
39 BGC GAL SIA NGA 0.6 0.981132
40 SIA GAL BGC NGA 0.6 0.981132
41 GAL SIA 0.598214 0.943396
42 SIA GAL NAG 0.596774 0.928571
43 NAG GAL NGC 0.590551 0.944444
44 SIA GAL NGS 0.589147 0.776119
45 SIA GLA NGS FUC 0.583942 0.776119
46 SIA GAL NDG SIA 0.581395 0.928571
47 SIA GAL SIA BGC NGA CEQ 0.577181 0.815385
48 MN0 GAL GLC 0.576 0.907407
49 NGC GAL NGA POL AZI 0.566176 0.772727
50 SLT 0.556452 0.924528
51 SIA 2FG NAG 0.534884 0.912281
52 4U2 0.531746 0.962264
53 SIA SIA SIA SIA SIA SIA SIA 0.529915 0.981132
54 SLB SIA SIA 0.529915 0.981132
55 SIA 2FG 0.529412 0.877193
56 SIA NAG GAL GAL 0.526316 0.962963
57 SIA SIA 0.521368 0.981132
58 SLB SIA 0.521368 0.981132
59 BGC 18C GAL NGA SIA GAL 0.521212 0.854839
60 SIA SIA SIA 0.520661 0.981132
61 SIA GAL 0.508333 0.907407
62 NGC MBG 0.508197 0.890909
63 SIA GAL BGC 16C 0.496774 0.854839
64 BGC 18C GAL SIA 0.490446 0.854839
65 SIA GAL NAG GAL GLC 0.482759 0.962963
66 SIA GAL NAG GAL BGC 0.482759 0.962963
67 BGC GAL NAG SIA GAL 0.482759 0.962963
68 GAL TNR SIA 0.478261 0.928571
69 GAL NAG SIA GAL 0.468085 0.962963
70 SIA NAG GAL 0.466667 0.928571
71 NAG GAL SIA 0.459259 0.962963
72 4U0 0.441176 0.907407
73 6PZ BGC GAL 1GN 1GN ACY GAL GAL ACY BGC 0.420382 0.945455
74 4U1 0.417266 0.944444
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 5CPZ; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar sites found with APoc: 21
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 5cpz.bio1) has 15 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 3PMA SCR 1.9305
2 3GDN HBX 2.46479
3 3GDN FAD 2.46479
4 3VPB ADP 2.48227
5 5T9C G3P 2.61194
6 3QVP FAD 2.8169
7 4ZSD 7I6 3.04878
8 1GPE FAD 3.16901
9 1KOR SIN 3.16901
10 1KOR ARG 3.16901
11 2VPQ ANP 3.16901
12 5ZRR 9J3 3.39623
13 3P8N L4T 4.30108
14 5OC1 FAD 4.57746
15 2IO8 ADP 4.57746
16 5NB7 8NQ 4.78261
17 3V4S ADP 4.92958
18 1KJ8 GAR 5.6338
19 1AFS NAP 6.33803
20 2R75 01G 6.33803
21 2PZE ATP 9.17031
Pocket No.: 2; Query (leader) PDB : 5CPZ; Ligand: SIA SIA GAL NGA GAL; Similar sites found with APoc: 2
This union binding pocket(no: 2) in the query (biounit: 5cpz.bio1) has 21 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
1 5J6Y BGC 7.44681
2 5J6Y GLC 7.44681
APoc FAQ
Feedback