Receptor
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
3UD5 2 Å EC: 2.7.6.3 CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI HPPK IN COMPLEX WITH BISUBSTRAT INHIBITOR J1A ESCHERICHIA COLI ALPHA BETA KINASE ATP BINDING PYROPHOSPHORYL TRANSFER TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
Ref.: BISUBSTRATE ANALOGUE INHIBITORS OF 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYDROPTERIN PYROPHOSPHOKINASE DESIGN WITH IMPROVED PROPERTIES. BIOORG.MED.CHEM. V. 20 47 2012
Ligand
Ligand Chain:Residue Validity Ligand Warnings Binding Data NGL Viewer Molecular Weight (Da) Formula SMILES
EDO A:191;
A:192;
Invalid;
Invalid;
none;
none;
submit data
62.068 C2 H6 O2 C(CO)...
J1A A:171;
Valid;
none;
submit data
584.654 C24 H32 N12 O4 S c1c(n...
View in 3D viewer
90% Homology Family
Leader
PDB id Resolution Class Description Source Keywords
7KDR 1.49 Å EC: 2.7.6.3 CRYSTAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI HPPK IN COMPLEX WITH B INHIBITOR HP-75 ESCHERICHIA COLI (STRAIN K12) ALPHA BETA TRANSFERASE TRANSFERASE-INHIBITOR COMPLEX
Ref.: BISUBSTRATE INHIBITORS OF 6-HYDROXYMETHYL-7,8-DIHYD PYROPHOSPHOKINASE: TRANSITION STATE ANALOGS FOR HIG AFFINITY BINDING. BIOORG.MED.CHEM. 15847 2020
Members (38)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 4 families.
1 3HD1 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
2 5ETO Kd = 2.7 uM 5RY C13 H9 F N6 O S c1cc(c(cc1....
3 1HQ2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
4 3HT0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
5 4M5J Kd = 14.5 uM YH5 C14 H13 N5 O3 S COc1ccc(cc....
6 5ETP Kd = 0.7 uM 5RZ C13 H10 Br N5 O2 S c1cc(ccc1C....
7 1DY3 - ATP C10 H16 N5 O13 P3 c1nc(c2c(n....
8 5ETM Kd = 3.9 uM 5RW C12 H10 F N5 O S c1cc(ccc1C....
9 3HSG - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
10 5ETN Kd = 4.3 uM 5RX C12 H10 Cl N5 O S c1cc(ccc1C....
11 4M5M Kd = 18 uM DX4 C5 H5 N5 S c1[nH]c2c(....
12 1EX8 Kd = 0.47 uM A4P C17 H24 N10 O17 P4 c1nc(c2c(n....
13 4M5H Kd = 29 uM YH2 C13 H10 N6 O S c1cc(ccc1C....
14 1EQM - ADP C10 H15 N5 O10 P2 c1nc(c2c(n....
15 3UDE - J1B C26 H38 N12 O4 S CC1(C(=NC2....
16 1Q0N - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
17 1RU2 Kd = 0.32 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
18 3UD5 - J1A C24 H32 N12 O4 S c1c(nc2c(n....
19 4M5K Kd = 5.9 uM YH3 C14 H13 N5 O2 S Cc1cccc(c1....
20 4M5G Kd = 9.7 uM YH1 C13 H11 N5 O2 S c1ccc(cc1)....
21 5ETK Kd = 1.5 uM 5RU C12 H10 F N5 O S c1ccc(c(c1....
22 3IP0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
23 3ILO - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
24 3HD2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
25 4M5N Kd = 7.5 uM YH7 C5 H5 N5 S C1=NC2=C(N....
26 1RB0 - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
27 5ETL Kd = 23 uM 5RV C13 H10 N6 O S c1ccc(c(c1....
28 4M5I Kd = 6.7 uM YH6 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccc(cc1....
29 4F7V Kd = 4.16 uM J1D C23 H30 N12 O8 S CC1(C(=NC2....
30 1RU1 Kd = 18 uM PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
31 3KUH - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
32 7KDR Kd = 0.047 uM J1L C27 H36 N12 O9 S CC1(C(=NC2....
33 1F9H - PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
34 3UDV Kd = 2.55 uM J1C C26 H36 N12 O5 S CC1(C(=NC2....
35 1RAO - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
36 7KDO ic50 = 0.38 uM H73 C27 H36 N12 O7 S CC1(C(=NC2....
37 1TMM Kd = 0.23 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
38 4M5L Kd = 18.9 uM YH4 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccccc1C....
70% Homology Family (40)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 3 families.
1 3HD1 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
2 5ETO Kd = 2.7 uM 5RY C13 H9 F N6 O S c1cc(c(cc1....
3 1HQ2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
4 3HT0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
5 4M5J Kd = 14.5 uM YH5 C14 H13 N5 O3 S COc1ccc(cc....
6 5ETP Kd = 0.7 uM 5RZ C13 H10 Br N5 O2 S c1cc(ccc1C....
7 1DY3 - ATP C10 H16 N5 O13 P3 c1nc(c2c(n....
8 5ETM Kd = 3.9 uM 5RW C12 H10 F N5 O S c1cc(ccc1C....
9 3HSG - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
10 5ETN Kd = 4.3 uM 5RX C12 H10 Cl N5 O S c1cc(ccc1C....
11 4M5M Kd = 18 uM DX4 C5 H5 N5 S c1[nH]c2c(....
12 1EX8 Kd = 0.47 uM A4P C17 H24 N10 O17 P4 c1nc(c2c(n....
13 4M5H Kd = 29 uM YH2 C13 H10 N6 O S c1cc(ccc1C....
14 1EQM - ADP C10 H15 N5 O10 P2 c1nc(c2c(n....
15 3UDE - J1B C26 H38 N12 O4 S CC1(C(=NC2....
16 1Q0N - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
17 1RU2 Kd = 0.32 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
18 3UD5 - J1A C24 H32 N12 O4 S c1c(nc2c(n....
19 4M5K Kd = 5.9 uM YH3 C14 H13 N5 O2 S Cc1cccc(c1....
20 4M5G Kd = 9.7 uM YH1 C13 H11 N5 O2 S c1ccc(cc1)....
21 5ETK Kd = 1.5 uM 5RU C12 H10 F N5 O S c1ccc(c(c1....
22 3IP0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
23 3ILO - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
24 3HD2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
25 4M5N Kd = 7.5 uM YH7 C5 H5 N5 S C1=NC2=C(N....
26 1RB0 - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
27 5ETL Kd = 23 uM 5RV C13 H10 N6 O S c1ccc(c(c1....
28 4M5I Kd = 6.7 uM YH6 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccc(cc1....
29 4F7V Kd = 4.16 uM J1D C23 H30 N12 O8 S CC1(C(=NC2....
30 1RU1 Kd = 18 uM PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
31 3KUH - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
32 7KDR Kd = 0.047 uM J1L C27 H36 N12 O9 S CC1(C(=NC2....
33 1F9H - PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
34 3UDV Kd = 2.55 uM J1C C26 H36 N12 O5 S CC1(C(=NC2....
35 1RAO - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
36 7KDO ic50 = 0.38 uM H73 C27 H36 N12 O7 S CC1(C(=NC2....
37 1TMM Kd = 0.23 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
38 4M5L Kd = 18.9 uM YH4 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccccc1C....
39 2QX0 Kd = 0.78 uM PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
40 1CBK - ROI C8 H11 N5 O2 CC1(C(=NC2....
50% Homology Family (49)
No: PDB id Binding Data Representative ligand Formula Smiles
The Class containing this family consists of a total of 2 families.
1 3HD1 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
2 5ETO Kd = 2.7 uM 5RY C13 H9 F N6 O S c1cc(c(cc1....
3 1HQ2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
4 3HT0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
5 4M5J Kd = 14.5 uM YH5 C14 H13 N5 O3 S COc1ccc(cc....
6 5ETP Kd = 0.7 uM 5RZ C13 H10 Br N5 O2 S c1cc(ccc1C....
7 1DY3 - ATP C10 H16 N5 O13 P3 c1nc(c2c(n....
8 5ETM Kd = 3.9 uM 5RW C12 H10 F N5 O S c1cc(ccc1C....
9 3HSG - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
10 5ETN Kd = 4.3 uM 5RX C12 H10 Cl N5 O S c1cc(ccc1C....
11 4M5M Kd = 18 uM DX4 C5 H5 N5 S c1[nH]c2c(....
12 1EX8 Kd = 0.47 uM A4P C17 H24 N10 O17 P4 c1nc(c2c(n....
13 4M5H Kd = 29 uM YH2 C13 H10 N6 O S c1cc(ccc1C....
14 1EQM - ADP C10 H15 N5 O10 P2 c1nc(c2c(n....
15 3UDE - J1B C26 H38 N12 O4 S CC1(C(=NC2....
16 1Q0N - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
17 1RU2 Kd = 0.32 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
18 3UD5 - J1A C24 H32 N12 O4 S c1c(nc2c(n....
19 4M5K Kd = 5.9 uM YH3 C14 H13 N5 O2 S Cc1cccc(c1....
20 4M5G Kd = 9.7 uM YH1 C13 H11 N5 O2 S c1ccc(cc1)....
21 5ETK Kd = 1.5 uM 5RU C12 H10 F N5 O S c1ccc(c(c1....
22 3IP0 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
23 3ILO - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
24 3HD2 - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
25 4M5N Kd = 7.5 uM YH7 C5 H5 N5 S C1=NC2=C(N....
26 1RB0 - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
27 5ETL Kd = 23 uM 5RV C13 H10 N6 O S c1ccc(c(c1....
28 4M5I Kd = 6.7 uM YH6 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccc(cc1....
29 4F7V Kd = 4.16 uM J1D C23 H30 N12 O8 S CC1(C(=NC2....
30 1RU1 Kd = 18 uM PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
31 3KUH - APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
32 7KDR Kd = 0.047 uM J1L C27 H36 N12 O9 S CC1(C(=NC2....
33 1F9H - PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
34 3UDV Kd = 2.55 uM J1C C26 H36 N12 O5 S CC1(C(=NC2....
35 1RAO - HH2 C7 H9 N5 O8 P2 c1c(nc2c(n....
36 7KDO ic50 = 0.38 uM H73 C27 H36 N12 O7 S CC1(C(=NC2....
37 1TMM Kd = 0.23 uM APC C11 H18 N5 O12 P3 c1nc(c2c(n....
38 4M5L Kd = 18.9 uM YH4 C14 H13 N5 O2 S Cc1ccccc1C....
39 2QX0 Kd = 0.78 uM PH2 C7 H9 N5 O2 C1C(=NC2=C....
40 1CBK - ROI C8 H11 N5 O2 CC1(C(=NC2....
41 4AD6 Kd = 16.7 uM GSY C7 H9 N5 O2 S C(CO)n1c2c....
42 5ETQ Kd = 0.33 uM YH2 C13 H10 N6 O S c1cc(ccc1C....
43 5ETR Kd = 0.3 uM 5RW C12 H10 F N5 O S c1cc(ccc1C....
44 4CRJ Kd = 1.1 uM YH5 C14 H13 N5 O3 S COc1ccc(cc....
45 4CWB Kd = 0.81 uM X6L C19 H15 N5 O2 S c1ccc(cc1)....
46 5ETS Kd = 1.24 uM 5RX C12 H10 Cl N5 O S c1cc(ccc1C....
47 3QBC Kd = 10.8 uM B55 C5 H5 N5 O S c12c([nH]c....
48 5ETT Kd = 0.59 uM 5RY C13 H9 F N6 O S c1cc(c(cc1....
49 5ETV Kd = 0.57 uM 5RZ C13 H10 Br N5 O2 S c1cc(ccc1C....
Polypharmacology
Similar Ligands (2D)
Ligand no: 1; Ligand: J1A; Similar ligands found: 11
No: Ligand ECFP6 Tc MDL keys Tc
1 J1A 1 1
2 J1B 0.661538 0.855556
3 J1C 0.586957 0.855556
4 H73 0.458065 0.846154
5 MTA 0.4375 0.740741
6 3DH 0.429825 0.740741
7 DTA 0.428571 0.753086
8 DSH 0.403361 0.871795
9 5X8 0.403226 0.797468
10 G3A 0.402878 0.75
11 G5P 0.4 0.75
Similar Ligands (3D)
Ligand no: 1; Ligand: J1A; Similar ligands found: 0
No: Ligand Similarity coefficient
Similar Binding Sites (Proteins are less than 50% similar to leader)
Pocket No.: 1; Query (leader) PDB : 7KDR; Ligand: J1L; Similar sites found with APoc: No similar binding sites found, or similarity not calculated due to duplicate pocket.
This union binding pocket(no: 1) in the query (biounit: 7kdr.bio1) has 48 residues
No: Leader PDB Ligand Sequence Similarity
APoc FAQ
Feedback